موضوع اتهام‌زنی‌ها به بکن‌باوئر این است که او یک سال پیش از برگزاری جام جهانی 2006 آلمان از طریق فیفا به حساب رئیس سابق شرکت آیداس، لویس دریفوس مبلغ 6.7 میلیون یورو واریز کرده است. واریزی که هدف از آن همچنان در هاله‌ای از ابهام قرار دارد. ماجرا وقتی پیچیده‌تر می‌شود که پای محمد بن حمام قطری به میان می‌آید که پیش از این به دلیل رسوایی مالی خبرساز شده بود. بکن‌باوئر که در سال 2006 ریاست کمیته‌ی برگزارکننده‌ی جام جهانی آلمان را به عهده داشت از اقدامات خود دفاع کرده و هر گونه سوءاستفاده‌ی مالی را تکذیب کرده است.
فرانتس بکن‌باوئر بارها اتهامات وارد به او را تکذیب کرده و آنها را اتهام‌های کثیف و اغراق‌شده معرفی کرده است. بکن‌باوئر 72ساله روز شنبه در جریان مراسم اهدای جوایز بهترین‌های ورزشی ایالت باواریا اعلام کرد که او دیگر از جنگیدن با اتهام‌زنندگان خسته شده و چون می‌داند که حق با او است دیگر از واکنش نشان دادن به اتهامات ساختگی خودداری خواهد کرد.
بکن‌باوئر می‌گوید به دلیل درخواست مردم تا کنون به اتهامات پاسخ داده ولی چون می‌داند که اتهام‌زنندگان به دنبال واقعیت نیستند دیگر با این موضوع کاری نخواهد داشت.
