پس از صدور کیفرخواست برای محمدرضا رحیمی در روزهای پایانی سال ۹۲، پرونده معاون اول محمود احمدی نژاد به شعبه ۷۶ دادگاه کیفری استان تهران ارجاع شد.

اتهامات معاون اول دولت دهم «تشکیل یا رهبری شبکه چند نفری برای ارتشا، اختلاس و کلاهبرداری» ، «اخذ رشوه» و «تحصیل مال از طریق نامشروع» بود.

این شعبه به ریاست قاضی سیامک مدیرخراسانی در روزهای سوم و هفدهم خردادماه ۹۳ به اتهامات رحیمی رسیدگی  و در پایان او را به ۱۵ سال حبس، پرداخت دو میلیارد و ۸۵۰ میلیون تومان رد مال و یک میلیارد تومان جزای نقدی محکوم کرد.

اما رحیمی اینقدرها هم بدشانس نبود که برای این اتهامات ۱۵ سال را در حبس سپری کند. او به حکم اعتراض کرد، پرونده به شعبه ۱۱ دیوان عالی کشور رفت و این شعبه که طبق ماده ۲۶۴ قانون آیین دادرسی کیفری مصوب ۷۸ صرفا حق «رسیدگی شکلی» و (نه ماهوی) به پرونده را داشت در. اقدامی قابل تامل مجازات حبس او را از ۱۵ سال، به ۵ سال و ۹۱ روز کاهش داد.

هرچند تنها دو سه روز بعد، دفتر محمود احمدی‌نژاد در اطلاعیه‌ای خطاب به مردم ایران، اتهامات معاون اول دولت‌ دهم را مربوط به دولت خود ندانست و تاکید کرد که اتهامات محمدرضا رحیمی دستمایه حملات گسترده و بی‌محابا علیه دولت‌های نهم و دهم شده است.

البته رحیمی نیز این اطلاعیه را بی پاسخ نگذاشت و در نامه‌ای خطاب به احمدی‌نژاد گفت که «رحیمی محکوم امروز، چوب لجبازی‌ها و آبروبری‌های گاه و بیگاه شما را می‌خورد»

به هر حال محمدرضا رحیمی در تاریخ ۹۳/۱۱/۲۶ راهی اوین شد تا مجازات ۵ سال و ۹۱ روز حبس خود را تحمل کند اما طبق اعلام مصطفی محبی مدیرکل زندان‌های استان تهران،محمدرضا رحیمی در روز ۲۸ اسفند سال ۹۶، یعنی پس از تحمل سه سال و یک ماه و دو روز -بدون احتساب مرخصی‌هایش- و با استفاده از «نظام آزادی مشروط» از زندان آزاد شده است.

بر همین اساس نگاهی هم به ماده مربوط به «آزادی مشروط» در قانون مجازات اسلامی مصوب ۹۲ خواهیم داشت تا ببینیم محمدرضا رحیمی با چه شرایطی از زندان آزاد شده است.

ماده ۵۸ قانون مذکور در این زمینه مقرر داشته است:

در مورد محکومیت به حبس تعزیری، دادگاه صادر کننده حکم می‌تواند در مورد محکومان به حبس بیش از ده سال پس از تحمل نصف و در سایر موارد پس از تحمل یکسوم مدت مجازات به پیشنهاد دادستان یا قاضی اجرای احکام با رعایت شرایط زیر حکم به آزادی مشروط را صادرکند:

الف- محکوم در مدت اجرای مجازات همواره از خود حسن اخلاق و رفتار نشان دهد.
ب- حالات و رفتار محکوم نشان دهد که پس از آزادی، دیگر مرتکب جرمی نمی‌شود.
پ- به تشخیص دادگاه محکوم تا آنجا که استطاعت دارد ضرر و زیان مورد حکم یا مورد موافقت مدعی خصوصی را بپردازد یا قراری برای پرداخت آن ترتیب دهد.
ت- محکوم پیش از آن از آزادی مشروط استفاده نکرده باشد.

با توجه به این ماده می‌توان نتیجه گرفت که محمدرضا رحیمی در زمان تحمل یک سوم مدت زمان حبسش، در زندان خوش اخلاق بوده، حالات و رفتارش نشان می‌داده که پس از آزادی، دیگر مرتکب جرمی نمی‌شود و ضرر و زیان مورد حکم را پرداخته یا گفته است که آن را خواهد پرداخت.

نکته جالب توجه این بود که خبر آزادی محمد رضا رحیمی در روز دستگیری سعید مرتضوی و انتقال او به اوین منتشر شد و حال باید دید دادستان پیشین تهران که اتفاقا مجازات ۵ سال حبس او به اتهام معاونت در قتل عمد نیز در دادگاه تجدیدنظر -به دلیل اظهار ندامت- به دو سال کاهش یافته است، چه مدت در زندان خواهد بود.