پرونده تیم فوتبال استقلال برای فصل ۲۰۱۸-۲۰۱۷ لیگ قهرمانان آسیا با یک تساوی خارج از خانه مقابل السد بسته شد تا شاگردان شفر از راهیابی به جمع چهار تیم برتر قاره کهن باز بمانند. 

سرمربی باتجربه آبی پوشان که برای صعود به نیمه نهایی، از دیدار برگشت با السد به پیروزی با اختلاف حداقل ۳ گل نیاز داشت، تغییراتی در ترکیب تیمش نسبت به دیدارهای گذشته ایجاد کرده بود که این تغییرات مورد سئوال و بعضا مورد انتقاد برخی از کارشناسان و پیشکسوتان این باشگاه قرار گرفت.

تیم فوتبال استقلال که با داشتن شش بازیکن ملی پوش بیشترین سهم را در بین تیم های باشگاهی در تیم ملی دارد، در حالی در این بازی مرگ و زندگی به مصاف السد رفت که شفر از نیمی از ملی پوشانش استفاده نکرد تا ابهامات در خصوص ترکیب اولیه آبی پوشان بیش از پیش شود. سید حسین حسینی، وریا غفوری و آرمین سهرابیان ۳ ملی پوش این تیم بودند که بازی را از روی نیمکت آغاز کردند. 

باوجود اشتباهی که سید مهدی رحمتی کاپیتان باتجربه تیم استقلال در بازی رفت مرتکب شد و باعث شد انتقاداتی نسبت به وی صورت گیرد، شفر باز هم این بازیکن باتجربه را به حسینی ملی پوش ترجیح داد و تصمیم به استفاده از دروازه بان باتجربه تر خود گرفت. این تصمیم باعث شد نه تنها حسینی فرصت حضور مقابل السد را از دست بدهد، بلکه تعداد گل هایی که رحمتی در مجموع دو بازی رفت و برگشت از السد خورد هم به عدد ۵ برسد.

وریا غفوری مدافع-هافبک تهاجمی آبی پوشان، دیگر ملی پوش نیمکت نشین این تیم بود. در حالی که استقلالی‌ها برای به ثمر رساندن حداقل ۳ گل، نیاز به استفاده از همه عناصر تهاجمی شان داشتند، غیبت غفوری که یکی از تهاجمی ترین بازیکنان استقلال بود جای سئوال داشت. در روزی که غفوری بازی را از روی نیمکت دنبال می کرد جناح راست استقلال عملا قابلیت های همیشگی خود را نداشت و کمتر دیده شد که حملات این تیم از سمت راست پایه ریزی شود. 

غفوری از ابتدای فصل گذشته تاکنون بازیهای تهاجمی اش را با زدن گلهای حساس برای این تیم کامل کرده بود و انتظار می رفت در دیداری که استقلال نیاز به زدن گلهای بیشتر دارد این بازیکن حتما از ابتدا مورد استفاده قرار بگیرد. تنها عاملی که می تواند غیبت این بازیکن در ترکیب اولیه را تا حدودی توجیه کند، سرماخوردگی بود که وی قبل از بازی به آن مبتلا شده بود. هرچند اخبار ارسالی پیش از بازی از قطر، حکایت از رفع این بیماری و بهبود شرایط وی برای حضور در بازی داشت. 

آرمین سهرابیان دیگر ملی پوش آبی پوشان بود که تا قبل از این دیدار همواره بعنوان بازیکن ثابت بازی می‌کرد اما در دیدار برگشت استقلال مقابل السد، این ملی پوش هم بازی را از روی نیمکت آغاز کرد. 

شفر که در بازی رفت دو تیم استقلال و السد هم تصمیماتی گرفت که به شدت مورد انتقاد واقع شد و بسیاری شکست سنگین خانگی آبی پوشان مقابل السد را ناشی از همین تصمیمات می‌دانستند، در بازی برگشت هم باوجود این که شکست بازی رفت را تکرار نکرد، اما باز هم تصمیماتی گرفت که جای سئوال باقی گذاشت و برخی از کارشناسان و پیشکسوتان این تصمیمات او را هم مورد انتقاد قرار دادند. 

آبی پوشان پیش از اعزام تیم ملی به جام جهانی بابت خط خوردن دو بازیکن شان از لیست تیم ملی به شدت شاکی بودند و معتقد بودند حق سید حسین حسینی و وریا غفوری بود که همراه تیم ملی در مسکو حضور داشته باشند. کی روش اما دلایل خاص خودش را برای خط زدن این دو بازیکن داشت و نیمکت نشینی حسینی  و تغییر پست وریا غفوری از مدافع راست به هافبک راست را دلیل (بخوانید بهانه) خط زدن این دو اعلام کرد. 

در واقع کی روش بعد از خط زدن این دو استقلالی توپ را به زمین سرمربی آبی ها انداخت و تصمیمات وی را اصلی ترین عامل خط خوردن این دو ملی پوش دانست. 

حال که تیم ملی برای حضور در جام ملتهای آسیا ۲۰۱۸ در روسیه آماده می‌شود باید دید که آیا روش استفاده شفر از ملی پوشانش باز هم منجر به جاماندن برخی از آنها از تورنمنت بزرگ دیگری می شود یا خیر. البته منوط به این که کارلوس کی‌روش سرانجام با فدراسیون فوتبال ایران به توافق رسیده و برای جام ملتها نیز روی نیمکت تیم ملی بنشیند.