یکی از انتقاداتی که منتقدان سرمربی سابق استقلال بر او وارد می‌کردند، عدم استفاده از روح الله باقری بدون دلایل موجه بود. این دسته از منتقدان وی معتقد بودند عملکرد باقری به مراتب بهتر از برخی از مهاجمانی بوده که خیلی بیشتر از او فرصت بازی پیدا کردند.

باقری در نیم فصل نخست کم و بیش در خط حمله استقلال به کار گرفته شد و تنها یک بار در لیگ موفق به گلزنی شد. با این وجود خیلی از کارشناسان معتقد بودند لااقل از برخی از مهاجمان این تیم مثمر ثمر تر است.

مهاجم شماره ۱۰ آبی‌ها در نیم فصل نخست ۱۲ بار برای استقلال مقابل پیکان، ذوب آهن، تراکتورسازی، پارس جنوبی، فولاد، نفت مسجد سلیمان، نساجی، پرسپولیس، پدیده، استقلال خوزستان، صنعت نفت و سپیدرود به میدان رفت.

باقری ۱۱ بار از این ۱۲ بازی در ترکیب ثابت قرار گرفت و تنها در یک بازی مقابل فولاد در هفته پنجم به عنوان بازیکن جانشین به میدان رفت. مهاجم آبی پوشان از ۱۱ باری که در ترکیب ثابت به میدان رفتن تنها در یک بازی (هفته اول مقابل پیکان) تعویض نشد و تا پایان در زمین حضور داشت.

وی در هفته‌های نهم تا یازدهم مقابل سایپا، سپاهان و ماشین سازی اصلاً به میدان نرفت تا در نیم فصل نخست در مجموع با ۷۷۴ دقیقه حضور در میدان از بازیکنان پر کار استقلال باشد.

اما نیم فصل دوم برای او اصلاً خوب نبود چرا که شفر از اولین روز نیم فصل دوم تا آخرین روزی که در استقلال حضور داشت حتی یک دقیقه به وی فرصت بازی نداد.

باقری آنقدر در نیم فصل دوم به میدان نرفت تا فرهاد مجیدی جانشین شفر شد و هدایت آبی پوشان را در دست گرفت.

سرانجام مجیدی در نیمه دوم دیدار با صنعت نفت از باقری استفاده کرد تا این مهاجم بعد از ۱۳ بازی کامل و یک نیمه، بار دیگر حضور در میدان را تجربه کند.

باقری در ابتدای فصل و با نظر شفر از تیم لیگ یکی خونه به خونه به استقلال پیوست و صاحب پیراهن شماره ۱۰ این تیم شده بود.