به نقل از روابط عمومی سازمان لیگ فوتبال ایران، زمان برگزاری مسابقات مرحله سوم جام حذفی فصل ۹۹-۹۸ به شرح زیر است:

جمعه ۱۵ شهریور ۹۸
* استقلال نوین ماهشهر – سردار جنگل گوراب – ساعت ۱۹:۱۵- ورزشگاه سردار جنگل رشت
* سپیدرودرشت – فجرشهید سپاسی شیراز– ساعت ۱۷- ورزشگاه سردار جنگل رشت
* شهرداری رزکان نوکرج – شهرداری خدابنده – ساعت ۱۷- ورزشگاه انقلاب کرج

شنبه ۱۶ شهریور ۹۸
* دریای حربده محمود آباد – سردار بوکان – ساعت ۱۶:۴۵ – ورزشگاه شهید بهشتی محمود آباد
* رضوانی اصفهان – پاس همدان– ساعت ۱۶:۴۵ – ورزشگاه آرارات اصفهان
* سرخپوشان پاکدشت – قشقایی شیراز– ساعت ۱۷- ورزشگاه شهدا اسلامشهر
* داماش گیلانیان – مهرگان دره شهر ایلام– ساعت ۱۷- ورزشگاه سردار جنگل رشت
* نود ارومیه – اتحاد کامیاران– ساعت ۱۷- ورزشگاه تختی ارومیه
* مس نوین کرمان – شهرداری تبریز– ساعت ۱۷:۳۰- ورزشگاه امام علی (ع) کرمان
* استقلال ملا ثانی – خیبرخرم آباد– ساعت ۱۹- ورزشگاه تختی اهواز
* شهرداری ماهشهر – ملوان بندر انزلی– ساعت ۱۹:۱۵- ورزشگاه شهدا ماهشهر