تیم فوتبال استقلال در سال ۹۸ در ورود و خروج بازیکنان جزو تیم‌هایی بود که در صدر نقل و انتقالات حضور داشت، آبی‌ها با جدایی وینفرد شفر آلمانی، نقل و انتقالات باشگاه توسط یکی از ارکان باشگاه انجام دادند و سپس همان تیم را تحویل سرمربی جدید خود یعنی استراماچونی دادند.
استقلال در این فصل ترجیح داد دیگر از سیدمهدی رحمتی به عنوان دروازه‌بان در تیم خود استفاده نکند و این گلر باتجربه را به شهرخودرو فروخت تا سیدحسین حسینی در این فصل دروازه‌بان اول استقلال باشد. آن‌ها کنار حسینی، حسین پورحمیدی را از استقلال خوزستان جذب کردند تا به عنوان رقیب حسینی در این تیم حضور داشته باشد.
استقلالی‌ها گرد و خاک زیادی در خط دفاع خود داشتند، آن‌ها دفاع چپ خود میثم تیموری را به تراکتور، دفاع راست خود فرشاد محمدی‌مهر را به ذوب‌آهن، پژمان منتظری دفاع میانی خود را به الخریطیات قطر و آرمین سهرابیان یکی دیگر از دفاع چپ‌های خود را به سایپا فروختند. اما دیگر بازیکن مهمی که استقلال در این فصل از دست داد خسرو حیدری بود که کفش‌هایش را آویخت و از فوتبال خداحافظی کرد تا استقلالی‌ها یکی از بهترین مدافعان تاریخ خود را از دست دهند.
اما آبی‌ها برای جایگزین کردن این مهره‌هایی که در خط دفاع از دست دادند دست به خرید‌های گران قیمت زدند، آن‌ها سیاوش یزدانی را از سپاهان، میلیچ بازیکن تیم کروتونه ایتالیا، عارف غلامی دفاع سپاهان و میلاد باقری را از مس کرمان به خدمت گرفتند.
استقلالی‌ها در خط هافبک امید نورافکن را به شارلروا بلژیک، آیاندا پاتوسی را به بنی‌یاس امارات، اسماعیل گنسالوس را به ماتسوموتو یاماگا در جی لیگ ۲ ژاپن، طارق همام هافبک عراقی را به اسماعیلی مصر فروختند تا این بازیکنان هافبک‌های جدا شده استقلال در سال ۹۸ باشند.
مدیران استقلال برای جایگزینی هافبک‌های از دست داده سراغ بازیکنان لیگ برتری رفتند. اولین ورودی استقلال در خط هافبک مسعود ریگی از شهرخودرو بود که یکی از بهترین بازیکنان فصل استقلال بود سپس آن‌ها آرش رضاوند را از سایپا، علی دشتی را از سایپا، محمدبلبلی را از سپید رود رشت به خدمت گرفتند. اما استقلالی‌ها در خط حمله الهیار صیادمنش را به فنرباغچه ترکیه، گادوین منشا را به عجمان ترکیه و روح الله باقری را به شهر خودرو فروختند و شیخ دیاباته را از الامارات و سپس در نیم فصل دوم ارسلان مطهری را از ذوب‌آهن به خدمت گرفتند.