بعد از پایان بازی هوادار – استقلال گفته شد که مهرداد محمدی به دلیل نیمکت نشینی و عدم حضور در این بازی با جواد نکونام بحث کرده است. پرس و جوی ما از اردوی آبی‌ها منجر به این نتیجه شد که اصلا چنین اتفاقی رخ نداده است. جواد نکونام هم چنین در پایان بازی از تک تک بازیکنانش به خاطر تلاش فراوانی که برای اعتلای تیم داشتند، تشکر کرد و ابراز امیدواری کرد، همه آنها در ادامه مسیر با همه توان برای استقلال از جان مایه بگذارند. جواد نکونام  خطاب به شاگردانش گفت: شما بهترین بازیکنان ایران هستید.

جالب اینجاست بازیکنان استقلال می‌گویند: مهرداد محمدی یکی از آرام‌ترین بازیکنان استقلال است و با وجود نیمکت نشینی در هفته‌های اخیر با انگیزه تمرین کرده است و رابطه خوبی با سرمربی تیم دارد.

مهرداد محمدی هر گونه درگیری با جواد نکونام را تکذیب کرد و گفت: استقلال در صدر جدول است و دوست دارند برای استقلال حاشیه درست کنند.

مهرداد محمدی در هفته‌های ابتدایی یکی از بازیکنان کلیدی استقلال در خط حمله بود اما بعد از اضافه شدن جلال الدین ماشاریپوف به ترکیب تیم به نیمکت منتقل شد.