تقریبا هیچ تردیدی وجود ندارد که اگر عیسی آل‌کثیر بین دو نیم‌فصل به پرسپولیس باز نمی‌گشت، این تیم در تکرار عنوان قهرمانی‌اش ناکام می‌ماند. در فصلی که سرخپوشان به‌شدت با بحران مهاجم نوک مواجه بودند، هر دو نیم‌فصل را تقریبا به‌صورت یک‌موتوره طی کردند؛ در دور رفت شهاب زاهدی مهاجم هدف اصلی قرمزها بود و در دور برگشت آل‌کثیر این مسئولیت را بر عهده گرفت. نهایتا هم عیسی با به ثمر رساندن ۱۰گل (۷تا در لیگ و ۳تا در جام‌حذفی) بار دیگر ارزش‌هایش را به رخ کشید. نکته اینجاست که عیسی همیشه مهره مؤثری برای پرسپولیس بوده اما وقفه‌هایی که مدام در مسیر حضور او بین سرخپوشان رخ داده، این بازدهی را کاهش داده است؛ اختلال‌هایی که خود آل‌کثیر هم در رقم‌خوردنشان بی‌تقصیر نبوده است.
آن شادی غم‌انگیز
اولین و شاید بزرگ‌ترین بحران عیسی در پرسپولیس، بعد از شادی گل او مقابل پاختاکور ازبکستان در مهرماه۹۹کلید خورد؛ جایی که او با فراغ بال کامل شادی گل معمولش در لیگ ایران را تکرار کرد، یعنی چشم‌هایش را با انگشتانش کشید. دورترین تعبیر از این شادی گل می‌توانست رفتار نژادپرستانه باشد اما کنفدراسیون فوتبال آسیا به شکلی حیرت‌انگیز چنین تفسیری داشت و درست روز بازی نیمه‌نهایی با النصر، حکم محرومیت ۶ماهه آل‌کثیر به پرسپولیسی‌ها ابلاغ شد. به همین راحتی او نیمه‌نهایی و آن فینال تلخ مقابل اولسان هیوندای را از دست داد و به نوعی قهرمانی آسیا از کف قرمزها رفت. محرومیت آل‌کثیر همچنین باعث غیبت او در بخش قابل‌توجهی از مسابقات لیگ بیستم شد.
رباط صلیبی و تأخیر در جراحی
بحران بعدی یک سال بعد اتفاق افتاد؛ دی ماه۱۴۰۰ و در جریان بازی با شهر خودرو. کمتر کسی در آن زمان تصور می‌کرد مصدومیت آل‌کثیر در اوایل نیمه دوم آن مسابقه آنقدر سنگین و از ناحیه رباط صلیبی باشد اما چنین بود و با تأیید پزشکان روشن شد او تا پایان لیگ بیست‌ویکم قادر به همراهی سرخپوشان نخواهد بود؛ اتفاقی که در از دست رفتن قهرمانی بی‌تأثیر نبود. این بحران اما زمانی تشدید شد که عیسی تا مدت‌ها با لجبازی از انجام عمل جراحی طفره رفت. او که اعتقاد داشت نیازی نیست زیر تیغ برود، کلی وقت کشت و نهایتا اواخر اردیبهشت راهی اتاق عمل شد؛ حداقل ۳ماه تأخیر که اوایل لیگ بیست‌ودوم را هم از او و پرسپولیس گرفت!
ترانسفر بی‌حاصل
این آخری هم ابتدای همین فصل رخ داد؛ اختلاف عیسی با مدیران پرسپولیس بر سر رقم قرارداد که منجر به حضور او در سپاهان شد و یک نیم‌فصل کابوس‌وار را برایش به همراه آورد. از همان ابتدا، حتی هنگام ثبت تصاویر عقد قرارداد هم روشن بود آل‌کثیر از این اتفاق خوشحال نیست. او بعدتر در ترافیک خط حمله سپاهان پشت خط امثال شهریار مغانلو و رضا اسدی ماند تا بین ۲نیم‌فصل به پرسپولیس برگردد و دوباره اوج بگیرد. با این تفاسیر یک محاسبه سرانگشتی نشان می‌دهد آل‌کثیر ۳۴ساله حداقل ۲سال مفید از دورانی که می‌توانست برای پرسپولیس بدرخشد را از دست داده؛ بعضا با بدشانسی و بعضا با اهمال خودش!