در همان روزها بود که طرفداران استقلال با انتقاد شدید از بازی دفاعی استقلال در دیدار مقابل نساجی که در هفته‌های قبل از آن با گل‌های نسبتاً زیاد شکست را را تحمل کرده بود به بحث یارگیری و دخالت برخی از افراد نزدیک به جواد نکونام موجب شد تا این انتقادات بیشتر و بیشتر شود.
پس از اتفاقات هفته پایانی و برد پرسپولیس مقابل مس رفسنجان و در شرایطی که قهرمانی از چنگ استقلال صدر نشین هفته‌های متمادی لیگ خارج شد انتقادات نسبت به نکونام اوج گرفت و همگی خواستار جدایی جواد نکونام از این تیم شدند.
اصرار بیش از حد هواداران به نمایندگان هلدینگ برای به خدمتگیری سرمربی خارجی همزمان با مذاکرات باشگاه پرسپولیس برای به خدمت گرفتن مربی اسپانیایی این موضوع را تشدید کرد تا اینکه سرانجام مشخص شد جواد نکونام همچنان سرمربی استقلال باقی خواهد ماند.
برخی بر این باور بودند که شاید به دلیل بندهای موجود در قرارداد این سرمربی در پایان فصل فوتبالی اگر او را برکنار کنند دیگر نمی‌تواند مربی استقلال باشد اما سرانجام شهریاری و نکونام به توافق رسیدند و او در استقلال برای دو فصل دیگر ماندنی شد.
حالا و در حالی که هواداران استقلال می‌دانند تیمشان باید با جواد نکونام در لیگ بعدی شرکت کند به شدت از او خواستار کسب به عنوان قهرمانی هستند و معتقدند او حالا که در استقلال مانده و یک سال تجربه کار با این تیم را پیدا کرده باید در پایان فصل بیست و چهارم کاپ قهرمانی را به هواداران هدیه بدهد.
گرچه جواد نکونام در هر شرایطی برای این موضوع تلاش می‌کرد اما حالا اتفاقات رخ داده ظرف این مدت این موضوع را تشدید کرده و توقعات هواداران بالاتر رفته است. این موضوع به علاوه جذب بازیکنان خارجی مورد نظر نکونام و تمدید برخی بازیکنان این مسائل را بیشتر از پیش مورد توجه هواداران قرار داده و قطعاً وظیفه و مسئولیت سنگین‌تری را برای این سرمربی در فصل آینده رقم خواهد زد.