تغییر چهره بازیگران یکی از مشکلات جدی سریال «مختارنامه» بود. نویسنده کتاب «پرونده مختارنامه» ماجرا را چنین روایت کرده است: «در یک پروژه طولانی مانند مختارنامه، گاهی بازیگر بخش‌هایی از بازی خود را در یک سال خاص انجام می‌دهد و ادامه بازی‌اش به زمانی دیگر موکول می‌شود.
ولی گاهی بازیگران تغییراتی در چهره خود ایجاد می‌کنند که این مسئله درباره بازیگران زن دردسر می‌شود.» اتفاقی که بارها در سریال مختارنامه رخ داد و باعث تغییراتی در مرحله کارگردانی و تدوین شد.
جراحی‌های دردسرساز الهام حمیدی و حدیث فولادوند
الهام حمیدی در نقش همسر کیان و حدیث فولادوند در نقش همسر ابراهیم اشتر، به‌دلیل جراحی‌های زیبایی و تغییر چهره، حفظ راکورد را بسیار دشوار کردند. درواقع این دو بازیگر زن سازندگان سریال را با تغییرات گسترده چهره‌شان غافلگیر کردند؛ موضوعی که باعث شد سکانس‌های آنها کاهش یابد.
الهام حمیدی در فاصله ۲مقطع ایفای نقش همسر کیان، بینی‌اش را عمل کرد و حدیث فولادوند هم عمل رینوپلاستی انجام داد؛ به‌طوری‌که در یک‌صحنه که در فاصله یک‌سال فیلمبرداری شد، تفاوت چهره او کاملا محسوس است. این مسئله باعث شد بسیاری از کلوزآپ‌های فولادوند در مرحله تدوین دور ریخته شود.
بازیگرانی که با عمل زیبایی، کارگردان «مختارنامه» را عاصی کردند
گاهی وقت‌ها هم زمان به زیان پروژه کار می‌کرد. طولانی‌شدن زمان فیلمبرداری باعث شد گذر چندساله، تأثیراتش را روی چهره بازیگران زن نمایان کند. در مورد بازیگران مرد داشتن ریش کمک زیادی به چهره‌پرداز می‌کرد تا تغییر چهره محسوس نباشد، ولی در مورد زنان ماجرا به‌سادگی حل‌شدنی نبود. در بخشی از کار، گونه‌های فریبا کوثری چاق شد و چهره ماهچهره خلیلی هم به‌دلیل گذشت زمان و چاقی و لاغری تغییر یافت؛ البته تغییر چهره این بازیگران به اندازه الهام حمیدی و حدیث فولادوند دردسرساز نبود.
حذف محمد حاتمی به‌دلیل عمل بینی
با اینکه عمل جراحی بیشتر در مورد بازیگران زن دردسرساز شد، ولی در یک مورد برای یک بازیگر مرد پیش آمد و حتی باعث شد میرباقری او را از کار کنار بگذارد. اینطور که در کتاب «پرونده مختارنامه» آمده، محمد حاتمی جزو گزینه‌های بازی در سریال بود که به‌دلیل عمل بینی از فهرست بازیگران حذف شد.
داوود رشیدی نمی‌توانست دیالوگ‌هایش را حفظ کند
برخی از بازیگران سریال که جزو چهره‌های شاخص سینما، تئاتر و تلویزیون هم بودند، به‌علت بالارفتن سن مشکلاتی داشتند؛ مثلا داوود رشیدی امکان حفظ‌کردن دیالوگ‌های طولانی را نداشت؛ بنابراین دیالوگ‌ها روی کاغذ نوشته و برابر او گرفته می‌شد، یا زمانی که امکان ضبط صحنه دونفره داوود رشیدی و فرهاد اصلانی نبود، یک سکانس دونفره دکوپاژ شد و پلان‌های تک‌نفره فرهاد اصلانی گرفته شد و ۶ماه بعد پلان‌های داوود رشیدی ثبت شد.
جمشید شاه‌محمدی هم برای نقش زهیر بن قین انتخاب می‌شود و در کاشان مقابل دوربین می‌رود؛ ولی با تکمیل فیلمنامه و مشخص‌شدن این موضوع که زهیر باید توانایی جنگیدن و حضور در سکانس‌های جنگی را داشته باشد، جای خود را به محمود اردلان می‌دهد. جمشید شاه‌محمدی در عوض نقش شوهرخواهر مختار را بازی کرد که با ویژگی‌های جسمانی‌اش منطبق بود.
روایتی کرنولوژیک
پرونده مختارنامه را رضا استادی نوشته که مسئول روابط‌عمومی این سریال بوده است. به‌گفته او، به واسطه مسئولیتش در این پروژه، به اطلاعات و اسناد مهم و جالبی دسترسی داشته و بر آن بوده به این سؤال جواب دهد که مختارنامه چطور ماندگار شده و چگونه پس از سال‌ها طراوت خود را حفظ کرده است؟ نویسنده، هدف خود را این قرار داده که کتابش به «رمانی خواندنی درباره سریالی تماشایی» شبیه باشد.
کتاب، روایتی کرنولوژیک دارد از قبل از آماده شدن فیلمنامه در سال ۱۳۸۱تا ماجراهای پس از پخش آخرین قسمت سریال و بعد بخش‌هایی با عنوان جمع‌بندی، نقطه ضعف، درباره داوود میرباقری، درباره عظیم جوانروح، درباره محمود فلاح، پیوست‌ها و آلبوم تصاویر.