برای بسیاری علی یونسی پیش و بیش از آن‌که به‌عنوان «روحانی»، «فعال سیاسی» یا حتی با سمت این روزهایش، «دستیار ویژه رئیس‌جمهوری در امور اقلیت‌ها» شناخته شود، با سال‌های دولت اصلاحات و سمتش به‌عنوان «وزیر اطلاعات» در آن زمان، به یاد آورده می‌شود؛ مسئولیتی که با توجه به حساسیت‌هایش بعید به نظر می‌رسد هیچگاه سایه‌اش را از کارنامه و نام‌ونشان او بردارد، کارنامه‌ای که البته در طول ۴۰ سال اخیر طیف گسترده‌ای از فعالیت‌های صاحبش را در خود جمع کرده است.

علی یونسی دستیار ویژه رئیس جمهور در امور اقوام و اقلیت‌های دینی و مذهبی در پیامی سال نو عبری و عید سایبان‌ها را به کلیمیان ایران تبریک گفت.

از ابتدای شکل‌گیری ماجرای سپنتا نیکنام که یقیناً در کنار ماجراهایی همچون محاکمه غلامحسین کرباسچی، حوادث پاییز ۱۳۷۷، واقعه کوی دانشگاه تهران، محاکمه بازداشت شدگان خرداد ۱۳۸۸، رسیدگی به پرونده بابک زنجانی و - این اواخر - موش و گربه بازی سعید مرتضوی، از جمله سریال های کشدار تاریخ سیاسی بیست سال اخیر ایران است، نقش و میزان تأثیرگذاری معاونت تازه تاسیس رئیس جمهوری در امور اقوام و اقلیت‌های دینی و مذهبی برای هدایت و تغییر مسیر ماجرا و کارگردانی اپیزود پایانی این سریال محبوب رسانه‌ها و فضای مجازی، همواره محل بحث و تحلیل بوده است.